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唐代宫殿建筑以长安大明宫为最高等级，含元殿是大明宫中轴线上的第一座正殿。1995—1996 年的大规模发掘为遗址保护提供了考古依据。

含元殿建于唐高宗龙朔三年（公元 663 年），毁废于公元 886 年，使用约 220 余年，是唐长安城的标志性建筑和重要国际交流场所。1995 年至 1996 年，中国社会科学院考古研究所对含元殿遗址进行了大规模考古发掘，取得丰硕成果，为保护工程提供了考古学依据。

1995 年，中国、联合国教科文组织和日本三方利用日本信托基金会提供的 235 万美元世界文化遗产保护资金立项实施保护工程，西安市政府配套投入 760 万元，历时 10 年，于 2005 年 9 月竣工；遗址自 2005 年 5 月 1 日开放。

含元殿考古确认了大殿台基、殿前龙尾道与广场的布局，使这座唐代大朝正殿的形制有了实测基础；"面积达 7 万平方米"等表述指的是含元殿所在的遗址区域范围，单体殿基面积应从发掘报告读取，引用时不可混用。含元殿复原（如殿面开间与屋顶形式）是基于柱网的学术方案，存在不同版本，不能当作实测建筑来描述。